Die Stiftung hat sich zum Ziel gesetzt wertvolle und naturnahe Auenlandschaften und flußbegleitender Niedermoore zu sichern und entsprechende Aktivitäten zu unterstützen. Dazu zählt auch der Erwerb naturnaher Auenwälder und Niedermoore und die Unterstützung und die Durchführung von Maßnahmen um ökologische Verbesserungen herbeizuführen und die Biodiversität zu erhöhen.
Wir wollen die Auenforschung auf unseren eigenen Flächen voranbringen und alle Forschungsaktivitäten im Auenbereich unterstützen. Dies kann auch durch Unterstützung der Aus- und Fortbildung sowie die Vergabe von wissenschaftlichen Arbeiten auf dem Gebiet des Stiftungszwecks, etwa durch die Vergabe von Stipendien, Preisen (auch internationalen) LINK zum Stiftungspreis) erfolgen. Die Stiftung arbeitet dabei eng mit der Katholischen Universität Eichstätt-Ingolstadt zusammen.
Die Stiftung sieht in der Einrichtung eines Nationalparks Donau-Auen einen wichtigen Schritt der Staatsregierung diesen EU weit bedeutsamen hoch dynamischen Lebensraum auch für künftige Generationen zu sichern und stellt dafür ihre Auwälder zur Verfügung. Die Stiftung unterstützt dabei auch andere Gruppen und Initiativen, die sich für den Auennationalpark engagieren.
Um diese Ziele zu verwirklichen wird die Stiftung auch Kooperationen mit anderen gemeinnützigen Organisationen und Einrichtungen,
vor allem lokaler und regionaler Art, die ebenfalls den Stiftungszweck verfolgen, eingehen.
Wird die Stiftung operativ tätig, kann sie insbesondere Einrichtungen, beispielsweise Umweltbildungseinrichtungen, schaffen und betreiben sowie Veranstaltungen zur Förderung des Stiftungszwecks organisieren.